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초대 원장을 지낸 법정 스님이 <보조사상> 1집 간행사에서 밝히듯이 “오늘날 보조사상이 편협한 종교계의 울타리를 넘어 인류정신 문화의 보편사상으로 국내외에 널리 그리고 깊게 수용되고 있음”을 화두로 삼고 학술활동에 매진한다.
보조사상연구원의 주요사업은 크게 정기학술세미나와 월례발표회로 나뉜다. 정기학술세미나가 국내외 전문가를 초빙해 권위를 인정받고 있다면, 월례발표회는 신진학자 발굴과 주제별 심화토론에 중점을 둔다. 학술활동은 매년 2월과 8월 학회지 <보조사상>에 모아진다. <보조사상>은 교계 몇 안되는 학술진흥재단 등재지로 연구원의 권위와 명성을 잇고 있다.
연구위원수는 총 57명 이중 박성배 교수(뉴욕 스토니브룩대), 로버트 러스웰(UCLA)등 10명이 국외 연구자다. 명실상부한 국제연구학술단체로 2007년 창립 20주년을 지나 새로운 전기를 맞은 학회는 2007년 추계 학술대회에서는 간다라 불교를 보조사상과 연계하는 시도도 했다.
회원은 년 4만원을 부담하는 일반회원과 년 6만원을 부담하는 단체회원으로 나뉜다. 회원은 <보조사상>과 <구산논집>이 발송 받을 수 있다.
한편 연구원은 연화성 보살의 서원으로 구산 스님의 유지를 받들기 위해 설립된 구산장학회의 사업도 함께 진행한다. 구산장학회는 불교학 연구의 진흥을 위해 신진학자들에게 매년 장학금을 지급하고, 그들의 논문을 모아 <구산논집>을 발행한다.
법정 스님에 이어 2004년부터 연구원장을 맡은 법산 스님(동국대 불교대학원장)은 “보조사상연구원의 국제화를 완성해 선대의 연구전통을 세계로 알리는 데 힘쓸 것”이라고 향후 계획을 밝혔다.