새만금사건에 대한 대법원의 판결은 이례적으로 신속하게 처리됐다. 1월 3일 상고장을 접수한지 71일만인 3월 16일 선고가 내려진 것. 대법원은 새만금사건을 적시에 처리해야할 중요사건 중 첫번째 사건으로 지정해 집중심리를 벌였고, 사회적 파장이 크다는 점을 고려해 전원합의체에서 심리했다. 판결문도 이용훈 대법원장이 직접 낭독했다.
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대법원은 상고를 기각한 이유로 "원고측이 제출한 증거만으로는 새만금사업을 중단하여야 할 정도로 농지의 필요성, 경제성, 수질관리, 해양환경 등에 중대한 사정변경이나 공익상 필요가 있다고 인정하기에 부족하다"고 밝혔다. 게다가 소송을 제기한 종교ㆍ시민ㆍ환경단체 등이 처분의 무효확인을 구할 원고적격이 없다고 판단했다.
13명의 대법관 가운데 김영란 대법관과 박시환 대법관은 '공유수면매립법 제32조 3호 소정의 사정변경을 이유로 한 취소에 관한 판단'에서 반대의견을 냈다.
또한 이규홍ㆍ이강국ㆍ김황식ㆍ김지형 대법관은 "취소 사유의 존부를 법적인 관점에서 평가ㆍ판단한 것이지, 새만금사업의 타당성 여부에 대한 정책적인 관점에서 평가ㆍ판단한 것이 아니다"며 "새만금사업이 시행되는 경우 수반되는 개발과 환경보호 사이의 가치충돌의 문제를 해결하기 위해서는 균형감 있는 합리적ㆍ이성적 접근방식이 필요하다"고 다수의견에 보충의견을 첨부했다.
그러나 대법원은 다수의견으로 "이 판결로 새만금사업의 정당성이 확보되었다고 만족할 것이 아니라, 변화하는 여건에 맞추어 어떻게 하는 것이 진정으로 국가경제 발전에 도움이 되며 아울러 환경친화적인 것인지 꾸준히 검토하여 반영하는 지혜와 노력이 필요하다"고 제시했다.