올해 건학 120년을 맞는 기독교계 연세대의 이사장은 조선일보 명예회장인 방우영씨가 맡고 있다. 재단의 운영은 명예직인 이사장을 대신해 상임이사가 실질적 업무를 통괄한다. 이사회는 대한예수교장로회, 기독교대한감리회, 한국기독교장로회, 대한성공회에서 각 1인, 동문회 파송 2인, 총장, 사회유력인사 4인(연세대 출신 2명, 협력교단 교계인사 2인) 등 11명으로 구성되어 있다.

재단은 이사회 개최와 정관 및 정관시행세칙을 관리하고 부동산 등 수익용ㆍ교육용 기본재산의 관리, 신규사업개발, 예ㆍ결산의 감사 업무만을 담당하고 있다. 대신 대학운영의 권한은 모두 총장이 가진다. 그만큼 총장이 져야할 책임도 크고 공과에 대한 처분도 엄격하다. 2003학년도 대학의 1년 결산 규모가 5300억원 규모로 동국대의 1800억원의 3배, 재단 전체 예산 규모도 국내최대로 1조에 가깝다.

1개 종단도 아닌 4개 교단이 연합해 운영하는 재단이 이처럼 무리 없이 운영될 수 있는 비결은 효율적인 운영구조에 있다.
연세대 내부사정을 잘 아는 기독교계 한 인사는 “100여 년 전 소수였던 외국인 선교사들 간 협력으로 세워진 전통을 바탕으로 재단과 대학의 역할이 분명히 구분되어져 있어 비교적 안정적으로 운영되고 있다”고 밝혔다. 특히, “재단 운영에 대한 각 교단의 감시가 살아있고 사회적으로 막강한 동문회의 영향력도 무시할 수 없다”고 설명했다.