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농림부는 “사정변경 등을 이유로 매립면허 처분의 취소 또는 변경 의무를 확인한 판결은 법리적으로나 사실인정 차원에서 무리가 있다”며 “서울고등법원에 항소, 새로운 재판부의 판단을 받기로 했다”고 6일 밝혔다.
항소 배경에 대해 농림부는 △매립면허 처분 취소 또는 변경 사유에 해당할 정도의 중대한 사정변경이 없다 △ 사정 변경 여부 및 매립면허 취소·변경 필요 여부는 행정청이 합리적으로 판단해서 결정할 사항이다 △재판부 판단을 따를 경우 토지수요, 경제성 분석, 환경영향평가, 관련 인허가 절차 많은 문제점이 따라 처분변경은 손해배상 등의 문제를 야기하며 갈등과 분쟁을 유발한다 등의 사유를 제시했다.
특히 중대한 사정 변경이 없었다는 주장과 관련 농림부는 수질문제가 이미 상당히 개선됐고, 1988년 한국산업경제연구원과 2000년 민관공동조사단 연구 결과 경제적 타당성이 인정됐으며, 갯벌보다 농지의 가치가 높다는 것이 다수의 의견이라는 점을 들었다.
한편 환경단체들은 “정부가 판결에 불복해 항소할 경우 새만금 사업 방조제 공사중지가처분신청을 제기할 것이다”고 이미 밝힌 상태여서 본안과 가처분신청 등의 장기간 법정공방이 불가피할 것으로 보인다.
지난 4일 "새만금매립기본계획에 기초한 공유수면매립면허 및 사업시행인가처분 무효 확인소송"에 대해 서울행정법원은 “공유수면매립법 제32조가 정하는 사유가 발생하였으므로 피고 농림부 장관으로서는 이 사건 공유수면매립면허 및 사업시행 인가처분을 취소하거나 변경하는 등의 필요한 처분을 하여야 할 의무가 있음에도 불구하고, 피고 농림부 장관이 위와 같은 필요한 처분을 하지 아니한 채 이 사건 거부처분을 한 것은 위법이다”고 판결한 바 있다.