선암사 대책위 측과 정야 스님 측의 주장 중 엇갈리는 것은 크게 토지보상금 수령과 공동예치, 보상금 유용 부분이다.

선암사 대책위 측은 종헌 및 사찰부동산관리령의 규정들을 근거로 총무원의 승인절차를 받은 후 토지보상금을 수령하고, 그 금액의 처분도 승인절차를 거쳐야 하며, 보상금 중 20%는 종단에 목적사업기금으로 납부하고, 나머지는 교구본사와 공동명의로 예치해야 하며, 보상금으로 건물을 매수, 임대하는 경우 임차보증금 산정 등도 총무원의 승인절차를 받고 이루어져야 하지만, 정야 스님측이 이를 어겨왔다고 주장한다.

사찰부동산관리령 제20조에 따르면 “사찰주지는 부동산 매각금 중 공찰인 경우 매각금의 20%를 종단목적사업을 위한 대토기금으로 총무원 재무부에 납부해야 하고, 매각금 사용은 총무원과 소속 교구본사와 협의해 조정할 수 있으며, 재산 매각금은 소속 교구본사와 당해 사찰이 공동으로 관리한다”라고 돼 있다.

그러나 정야 스님 측은 토지보상금 수령문제는 총무원장의 사전승인을 요하는 매각, 기부, 담보제공, 대여, 인락 기타 처분 어디에도 해당하지 않는 사항이라고 주장한다. 공동예치명령에 대해서도 1999년 제정된 사찰부동산관리령은 일종의 내부 행정지침으로, 소속 사찰들에게 준수를 강요하거나 이를 위반했음을 이유로 징계처분을 할 수 없다고 반박한다. 보상금 유용과 관련해서는 총무원에서 각 사찰의 재산임대문제까지 관여할 권한은 없으며 이를 문제 삼은 전례도 없다고 항변한다.

이 외에도 정야 스님 측은 재심호계원 판결시 당사자가 불참한 궐석재판이기 때문에 징계무효라고 주장하지만, 선암사 대책위 측은 변호인인 중원 스님(선암사 회주)이 참석했으므로 유효라고 주장한다.