선암사 문제는 1992년 9월 선암사 경내지 등이 택지개발예정지구로 지정되면서 시작됐다.

95년 8월 선암사 소유 토지가 주택공사로 등기 이전되면서 강제 수용되자, 선암사측이 9월 토지수용재결처분취소를 구하는 행정소송을 제기하면서 법적인 문제로 비화됐다. 2001년 10월 대법원에서 선암사측이 패소해 토지수용이 확정됐으나, 2003년 1월 헌법재판소가 토지수용시 당시 문화체육부의 동의를 요구하지 않는 전통사찰보존법에 대해 헌법불합치결정을 내림으로 새로운 국면에 접어들었다. 그러나 2003년 6월 법원이 강제조정결정을 내면서 일단락되는 듯 했다.

하지만 토지보상금 145억원 문제를 놓고 총무원측과 정야 스님측의 본격적인 분쟁이 발발됐다.

총무원 측은 종헌 및 사찰부동산관리령 등을 근거로 교구본사와 공동명의로 토지보상금을 공동예치할 것 등을 지시했지만, 선암사 측은 관련 권한이 없다며 거부했다. 결국 정야 스님은 공금 유용 혐의 등으로 2004년 9월 1일 제28차 재심호계원에서 제적 판결을 받았다. 그러나 정야 스님 측은 여기에 불복해 사회법에 소송을 제기했고, 지난 9월 24일 사법부가 가처분 신청을 받아들였다.