재단법인 선학원은 남전ㆍ도봉ㆍ석두 스님 등에 의해 1921년 11월 30일 설립됐다.

‘사(寺)’나 ‘암(庵)’ 등의 명칭을 사용하지 않고 ‘선학원’이라 명명한 것은, 일제 당시의 모든 사암(寺庵)이 사찰령(寺刹令)과 사법(寺法)의 직간접적인 사찰(査察)을 받았고 본말사의 주지취임까지 일제 총독부의 인가를 받아야 했기 때문이다. 또 모든 행사와 동산ㆍ부동산의 변동사항까지 사찰을 받았기 때문에 사암(寺庵)등의 명칭을 사용하지 않음으로써 총독부의 통치를 피하기 위한 것이었다.

선학원은 재정빈곤으로 인해 1926년 범어사 포교당으로 전환한 뒤 몇 년간의 침체기를 겪다가 1931년 1월 21일 적음 스님이 선학원을 인수하면서 새롭게 재건됐다. 재건 후 1934년 12월 5일 재단법인 조선불교중앙선리참구원(朝鮮佛敎中央禪理參究院)으로 인가받았다.

한국불교의 청정전통을 사수하기 위해 1935년 3월 7일 조선불교전국수좌대회(朝鮮佛敎全國首座大會)를 개최하고, 조선불교선종 종무원을 발족시키기도 했다.
1954년 불교정화운동 당시에는 불교정화사업본부를 선학원에 두고 조계종파를 설립했으며, 1973년 구건물을 헐고 삼층 건물을 중창해 오늘에 이르고 있다.
역대 이사장으로는 만공 스님을 비롯, 석주ㆍ청담ㆍ벽암ㆍ진제 스님 등이 있다.