조계종은 북한산 관통도로 문제와 관련한 공론조사 3단계 제시에 대해 "대통령 공약사항 이행이라는 기본입장에는 변한 것이 없다"며 다만 "공론조사와 관련한 책임성 때문에 3단계 안을 제시한 것"이라고 설명했다.

조계종 사회부 김영주 과장은 10월 28일 사회부에서 열린 기자설명회에서 "조계종이 공론조사에 대한 책임성 있기 때문에 사회적 참여 절차를 밝힐 필요가 있다는 판단으로 3단계 안을 제시했다"며 "그러나 대통령 공약 사항 이행이라는 종단 기본 입장에는 변함이 없다"고 밝혔다.

또 3단계 안이 공론조사 사실상 거부인가 잠정적 수용인가란 논란에 대해 "사실상 수용이 어렵다는 것을 우회적으로 표현한 것'"이라고 설명했다.