국가에서 시행하는 대규모 국책사업이 백두대간 산림을 훼손시키는 주요 요인으로 나타났다. 따라서 대규모 국책사업에 대한 엄격한 환경적 잣대와 기준이 적용되지 않는다면 백두대간 보전은 힘들 것으로 예상된다. 이 같은 결과는 녹색연합이 2002년 4월부터 2003년 4월까지 약 1년간 백두대간 일대의 대규모 난개발 30곳을 선정ㆍ조사함으로 나타났다.

녹색연합에 따르면 녹색연합이 선정한 백두대간 일대 30곳의 대규모 난개발 사업 중 국책사업이 22곳이나 포함돼 있다고 밝혔다. 따라서 백두대간 산림훼손 주범이 산업자원부, 한국도로공사 등 공기업이고, 사업 시행 시 별다른 규제를 받지 않고 있다는 주장이다. 현행법에서는 국책사업의 경우 국가적으로 반드시 필요한 시설이라고 규정해 환경적으로 예외 적용을 두고 있어, 대규모 산림벌채 등 다양한 환경문제를 유발시키고 있는 실정이다.

또한 백두대간 산림을 훼손하고 파괴하는 시설도 점차 증가하고 있음이 밝혀졌다. 특히 광산, 댐, 도로 등의 건설과정에서 대규모의 산림벌채 등 산림생태계 훼손과 잠식을 발생시켜 생태적으로 중요한 동식물의 서식처인 백두대간의 산림생태계를 훼손하고 있음이 드러났다. 또 광산개발의 경우 대규모 산림벌채 뿐만 아니라 백두대간의 지형자체를 바꾸어 놓고 있어 산림생태계의 교란과 영구적 훼손의 원인으로 지적됐다.

녹색연합 자연생태국 서재철 국장은 “북한산 관통도로와 경부고속철 천성산 금정산 구간 등 대규모 국책사업 시 실질적인 환경영향평가가 이뤄지지 않아 환경파괴를 부채질하고 있다”며 “훼손된 지역에 대한 복구 작업과 산림생태계 보전을 고려한 신중한 국책사업의 추진이 필요하다”고 말했다.